يحتل زاوية من زوايا حي "الصليبة" القديم، يقع وسطها بين أبنية غلب عليها البناء المعماري القديم، فالحجارة والأزقة والجدران العالية تحيط بالمسجد القديم الواقع على الطريق العام المؤدي إلى البحر وسور المرفأ الطويل.
المسجد اليوم بات يدعى "مسجد الضحى" حسب اللوحة الحجرية التي تعلو بابه الشرقي الرئيسي، بينما بقي مسماه الشعبي شائعاً بمسجد "القبة الخضراء" نسبة لقبته الصغيرة الوحيدة التي تتوسط سقفه.
مسجد القبة مسجد صغير لا يتعدى بمساحته 150م، يقع إلى الغرب من أعمدة "باخوس" مقابل جامع "ياسين" القديم، وقريباً من حديقة أبي تمام الشهيرة، يعتقد بأنه البناء الذي قصده "ابن بطلان" بقوله: "فيها – أي اللاذقية – بيت كان للأصنام وهو اليوم كنيسة وكان في أول الإسلام مسجداً"، وأن وجود القبة على البناء جعل الناس يطلقون عليه اسم مسجد القبة
موقع eLatakia التقى مدير آثار "اللاذقية" المهندس "جمال حيدر" الذي أطلعنا على بعض المعلومات المتعلقة بالمسجد الصغير وطبيعته، حيث يقول: «مسجد القبة مسجد صغير لا يتعدى بمساحته 150م، يقع إلى الغرب من أعمدة "باخوس" مقابل جامع "ياسين" القديم، وقريباً من حديقة أبي تمام الشهيرة، يعتقد بأنه البناء الذي قصده "ابن بطلان" بقوله: "فيها – أي اللاذقية – بيت كان للأصنام وهو اليوم كنيسة وكان في أول الإسلام مسجداً"، وأن وجود القبة على البناء جعل الناس يطلقون عليه اسم مسجد القبة».
أما عن وصف المسجد من الناحية المعمارية فيقول المهندس "حيدر": «طرأت على هذا البناء تغيرات كثيرة في الفترات اللاحقة، ذهبت بملامحه الأصلية، ونلاحظ ذلك من نوعية الحجارة التي تختلف في أحجامها وشكلها، للمسجد مدخل من الشارع الفرعي الشرقي يؤدي إلى فسحة سماوية توصل بدورها إلى المدخل الرئيسي للمسجد، ومنه إلى بهو مستطيل مسقوف بقبة حجرية تتوسط البهو، ومئذنة المسجد اثني عشرية متوسطة الارتفاع، وواجهاته بسيطة حيث نلاحظ وجود آثار قنطرتين في الشرقية منها والغربية، كما توجد نافذتان على شكل صليب تؤكد أن المبنى كان كنسية في وقت من الأوقات، أما اليوم فتحول إلى مسجد بعد أن تم ترميمه سنة 2005م».
فيما يقول الحاج "إبراهيم السمر" خادم المسجد منذ عشرين عاماً: «المسجد كان ديراً مهجوراً تحول إلى مسجد صغير لسكان الحي الأقدم في "اللاذقية" آنذاك، بقي المسجد على حاله بدار حجرية تعلوها قبة صغيرة وأمام بابه فسحة عربية واسعة، تحوي على الموضَأ وحديقة صغيرة تساوي مساحة المسجد الداخلي، بقي كما هو حتى جاءت سيدة تدعى "ضحى" لتهب مالها لأوقاف "اللاذقية" وللقائمين على المسجد الصغير ذي القبة الصغيرة، فتم سقف الحديقة بقبة واسعة وكبيرة تم تصنيعها في "حلب"، وعدلت أمكنة الوضوء وملحقاتها، وبالتالي تضاعفت مساحة المسجد والمصلى واتسع لمصلين أكثر بفضل ما قدمته المحسنة الفاضلة بداية عام 2004م».
"محمد محجازي" مالك لإحدى محلات العمل اليدوي بالقرب من مسجد القبة يقول: «عمري دخل سنواته السبعين، إلى اليوم مازلت أصلي في مسجد القبة القديم، المسجد ومن بعد ترميمه الأخير أصبح أكثر اتساعاً وتنظيماً، القبة الصغيرة والنوافذ الحجرية أكبر دليل على حقيقة المكان، تحيط بالمسجد القديم منازل قديمة ما زالت إلى اليوم مؤهلة وهي من عمر المسجد، وكذلك تحيط به مجموعة من المحال القديمة التي تستخدم للصناعات اليدوية والشعبية النادرة».
بقي أن نشير إلى أن هذا المسجد يقع ضمن منطقة تعد الأقدم على الإطلاق في "اللاذقية" وتشملها حدود المدينة القديمة التي وضعتها لجنة حماية المدينة القديمة في مجلس المحافظة، بالإضافة إلى أنها منطقة غلبت على أبنيتها تلك الروايات التي تتحدث عن صفتها الدينية، وكأن حال المنطقة يؤكد بأنها منطقة أديرة وبيوت للعبادة، ولا سيما قرب الكنيسة المعلقة وقوس النصر والكاتدرائية وبعض المدارس القديمة عالية الجدران التي تغني المكان بصفته الدينية على وجه التقدير والشمولية.