تعرض للهدم أكثر من مرة، كان آخرها زلزال كبير أتى على قسم كبير منه عام 1157م، بانيه غير معروف ولكنه جدد من قبل السلطان "نور الدين الزنكي"، ويعد إعجازاً في فن هندسة بناء القبب.
مدونة وطن "eSyria" التقت الأستاذ "عبد القادر فرزات" - رئيس دائرة آثار "حماة" بتاريخ 30 أيار 2014، ويقول: «يقع جامع "الحسنين" في حي "المدينة" جنوب قلعة "حماة"، تاريخ بناء الجامع غير معروف، ومن المرجح أن يكون قد تم بناؤه في العصر "الأتابكي"، وقد دلت الدراسات الأثرية أن نواة البناء تعود إلى معبد وثني من المحتمل أنه كان موجوداً في القرن الخامس الهجري، ولذلك يعد من أقدم الجوامع الموجودة في مدينة "حماة"، سمي بهذا الاسم نسبة إلى الإمام "الحسين بن علي" حفيد الرسول صلى الله عليه وسلم، كما أنه يحتوي ضريحاً منسوباً للنبي "يونس" عليه السلام، وذلك وفقاً للكتابة الموجودة على باب القبة، كما يوجد كتابة محفورة على حجر كلسي متوضع بمرتفع من يمين مدخل الجامع، توضح اسم الباني وتنص على: (بسم الله الرحمن الرحيم لا إله إلا الله محمد رسول الله، صلى الله عليه وسلم، أمر بعمارة هذا المسجد المبارك بعد هدمه في الزلزلة الجارية سنة اثنين وخمسين وخمس مئة مولانا الملك العادل المجاهد نور الدين أبو القاسم محمود الزنكي)».
ذكر في فصل المباني الأثرية من سجلات المحكمة الشرعية للواء "حماة" في القرن الثامن عشر أن المسجد كان يحوي هيئة مؤلفة من: خطيب، وإمام، ومدرس، وخادم، ومشعل أنوار، ومسبّح في رمضان، وقد تشمل الوظيفة الواحدة أكثر من موظف، كما وقد يشغل موظف واحد أكثر من وظيفة شأنها في ذلك شأن الحمامات والخانات فلها وقف وموظفون
ويضيف: «ذكر في فصل المباني الأثرية من سجلات المحكمة الشرعية للواء "حماة" في القرن الثامن عشر أن المسجد كان يحوي هيئة مؤلفة من: خطيب، وإمام، ومدرس، وخادم، ومشعل أنوار، ومسبّح في رمضان، وقد تشمل الوظيفة الواحدة أكثر من موظف، كما وقد يشغل موظف واحد أكثر من وظيفة شأنها في ذلك شأن الحمامات والخانات فلها وقف وموظفون».
أما المهندس "عمار الزالق" - رئيس المكتب الفني بدائرة أوقاف "حماة" فيشير إلى أن أهم ما يميز جامع "الحسنين" وجود قبة مضلعة في بنائها من الخارج، وترتفع عن الأرض بارتكازات جدارية دون أعمدة حاملة، وهذا يعطي اتساعاً في حرم المسجد البالغة مساحته 88م2، ويعد إعجازاً في فن هندسة بناء القبب، ويوجد شبيه واحد لهذه القبة في جامع "النوري" الذي بناه أيضاً "نور الدين الزنكي"، ويضيف: «يتألف الجامع من حرم مستطيل، سقفه ذو قبتين كبيرتين الأولى مضلعة والثانية كروية، القبة الغربية منهما ذات حطة واحدة وهي أقدم من الشرقية ذات الحطتين، مادة بنائها الحجر، ويتألف من مئذنة مربعة الشكل ومن صحنين ورواق صغير من الشمال، مساحته 84م2 وينفتح الحرم على باحة مكشوفة يحيط بها رواق مساحته 126م2، وفي الجانب الشمالي من هذا الرواق يوجد بناء مؤلف من غرفتين قديمتين يعرف هذا البناء بالمدرسة "الفرنجية" القديمة؛ وهي تنسب إلى "زين الدين فرج" وزير الملك "المنصور الأول"، وقد تغيرت معالمها وأصبحت داراً للسكن وكانت تصل إليه مياه نهر "العاصي" عبر قنوات عن طريق ناعورة "المأمورية"».
